玉溪市內(nèi)河流分屬珠江和紅河兩大水系，有高原斷陷湖泊撫仙湖、星云湖和杞麓湖。

撫仙湖橫跨澄江、江川和華寧三縣區(qū)，是我國最大的深水型淡水湖泊、最大的I類淡水生態(tài)大湖，水域面積216平方公里，平均水深95米，蓄水量206億立方米，是滇池的12倍、洱海的6倍，水資源總量占全國湖泊淡水資源總量的9.16%，是全球少有的I類水質(zhì)湖泊，被列為全國8個水質(zhì)良好湖泊生態(tài)環(huán)境保護試點之一，是全國江河湖泊生態(tài)環(huán)境保護重點。

星云湖在江川區(qū)境內(nèi)，湖面面積34平方公里，平均水深7米，容量1.84億立方米。

杞麓湖在通海縣境內(nèi)，湖面面積36.4平方公里，平均水深4米，容量1.82億立方米。